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一、原理不同
1、SNP技术：首先，用聚合酶链反应（PCR）扩增含单核苷酸多态性的基因组片段，然后用序列特异性引物进行单碱基扩增。然后将样品分析物与芯片基体共结晶，在真空管中用瞬时纳秒（10-9s）激光进行激发。
2、基因芯片：测序原理是杂交测序法，即用已知序列的一组核酸探针杂交的核酸测序法。
二、特点不同
1、SNP技术：时间飞行质谱（MALDI-TOF）完成的SNP检测准确率可达99.9%，除了准确性高、灵活性强、通量大、检测周期短等优势外，最有吸引力的应该还是它的性价比。
2、基因芯片：快速、高效、自动化。
扩展资料：
基因芯片可分为三种主要类型：
（1）固定在聚合物基质（尼龙膜、硝酸纤维膜等）表面的核酸探针或DNA片段，通常与同位素标记的靶基因杂交检测。通过射线照相。
这种方法的优点是所需的检测设备与目前分子生物学中使用的射线照相技术相一致，并且相对成熟。但芯片上探针密度不高，对样品和试剂的需求量大，定量检测存在诸多问题。
（2）采用点采样法将DNA探针阵列固定在玻璃板上，与荧光标记靶基因杂交检测。该方法的晶格密度可大幅度提高，表面各探针的结合量相对一致，但在标准化和批量生产方面仍存在不易克服的困难。
（3）将直接在玻璃等硬表面上合成的寡核苷酸探针阵列与荧光标记靶基因杂交检测。该方法将微电子光刻技术与DNA化学合成技术相结合，可大大提高基因芯片的探针密度，减少试剂用量，实现标准化和批量生产，具有非常重要的发展潜力。
百度百科-基因芯片
百度百科-SNP基因分型
基因芯片上不会只有一种DNA分子，为提高效率，节约成本，一般会有多个DNA序列
如果芯片上多个点显色，说明样品中有多个目标序列，由于芯片上DNA序列是已知的，因此根据互补原理，是可以知道样品中的序列的。
同2，序列是已知的，也就是做芯片的时候是用已知序列的DNA在做。
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