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遗传背景清楚 ;目标基因表达水平高;表达系统成熟完善;易于培养（培养方法简单、生长快、培养周期短、抗污染能力强）、成本低;被美国FDA批准为安全的基因工程受体生物。
缺点：表达产物缺少饭以后的修饰（如糖基化、烷基化、磷酸化、特异性的蛋白水解加工等）；同时高表达时易折叠错误导致表达产物没有活性，而且大肠杆菌本身含有内毒素和有毒蛋白，可能混在产物里，应用受限。
真核基因在大肠杆菌中表达：
1，真核生物的启动子不能被原核细胞（大肠杆菌）的RNA聚合酶识别；
2，真核生物的mRNA上没有SD序列，因此不能被原核细胞核糖体结合；
3，真核生物的基因含有内含子，原核细胞缺乏见他们的转录物进行拼接加工的机制；
4，真核细胞的基因产物，往往需要翻译后加工，真核细胞缺乏翻译后加工有关的酶；
5，真核生物基因表达的蛋白质易被原核细胞蛋白酶所降解。
基因工程的优点和缺点是什么？
以大肠杆菌为例，优点1，遗传背景清楚（4405个ORF），便于基因操作。2，表达水平高，遗传较稳定。3，优良的工业性能：繁殖迅速，培养简单，操作方便。
缺点1，缺乏翻译后修饰加工系统（不能表达糖基化蛋白和结构复杂的蛋白）。2，胞内缺乏高效的表达产物折叠机制（易形成包涵体），分泌机制不完善。3，细胞周质内含有种类繁多的内毒素。
优点很多。基因工程遍及现代生物学研究。通过 GE 技术，我们可以生产无限数量的天然极其稀有的蛋白质。我们可以探索突变的影响。我们可以用抗体和融合蛋白制造新药。我们还可以用更环保的工艺代替石化工艺；如果你走在尼龙地毯上，它的材料有大约 50% 的可能性是生长的，而不是蒸馏的。大多数这样的基因工程基本上是零风险的。实验室菌株在实验室中不能很好地繁殖。
病原体工程显然是不可取的，除非在非常特殊的情况下研究病原体。由于所涉及的风险，此类研究应该（并且正在）受到严格监管。但即使在那里，意外产生某种“仙女座菌株”大流行的可能性也是微乎其微的。
关于基因工程的大多数争议是围绕将工程生物体释放到野外或工程人类身上。
对于工程人类，忘记创造超级人类的大部分想法。我们根本不知道如何做到这一点。人类的工程方法都存在重大风险，这就是为什么在伦理上它们只能用于治疗严重的遗传疾病或治疗癌症。只有这样，风险才可能被可能的利益所抵消。
对非实验室动物进行工程改造是一个非常新的领域，大部分努力要么投入农业，要么试图通过改变疾病媒介的野生种群来预防疾病。
或许围绕基因工程的最大争议在于工程作物植物。迄今为止，大多数工程都使供应商和种植者受益，而不是最终消费者，至少以明显的方式。这导致人们对农作物的基因工程采取极端立场，即使它可能具有重大的公共健康益处，例如“黄金大米”，这种大米旨在提供维生素 A 的补充以防止失明。基因工程具有非常现实的潜力，可以帮助以更少的环境成本更有效地养活世界。
作物植物基因工程的敌人提出了许多问题，有些是真实的，但很多是夸大的。例如，经常提出像葛一样猖獗的工程植物的幽灵。应该有可能开发一种合理的方法来对特定工程性状的风险进行排序。例如，删除一个基因不太可能导致一些可怕的结果，因为这种删除很容易在自然种群中发生。类似地，当在其他植物中发现此类途径时，风味或香料化合物生产中的工程改造极不可能给工程改造植物带来任何特定的选择优势。另一方面，很难不争辩说我们应该谨慎对待影响繁殖成功的工程或任何已经存在问题的植物工程。
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