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一、深圳市科学技术协会机关
1982年5月，深圳市科学技术协会成立，属深圳市群众团体系列，按局级待遇，事业编制3名。1983年9月，市编委《关于市科协机构编制问题的批复》明确市科协内设办公室、学会部、科普部，事业编制增至10名；1 984年，市编委又批复同意市青少年科技辅导员协会事业编制2名(1996年3月更名为青少年科技教育协会)、市农学会事业编制1名，归市科协管理，至此，市科协事业编制共13名。
1993年10月，市编委[1993]078号文批复市科学技术协会与科学技术局合署办公，科协的日常工作由科普处承办，科普处编制7名。
2007年1月，按照深编[2006]135号文件精神，市科学技术协会由与市科技和信息局合署办公调整为正局级单位独立设置。市科协机关内设办公室（挂合作交流部牌子）、科普和学会工作部共2个部室。核定市科协总编制13名。
二、事业单位
2009年9月，按照深府办[2009]100号文件精神，深圳市科技专家委员会办公室（深圳市技术引进咨询评议委员会办公室）、深圳市科技开发交流中心、深圳市科学馆等三个事业单位划给市科学技术协会管理。深圳市科技专家委员会办公室（深圳市技术引进咨询评议委员会办公室）核定事业编制5名，深圳市科技开发交流中心核定事业编制20名，深圳市科学馆核定事业编制25名。
三、市级学会
市科协成立后，市级学会陆续成立，至2009年，已有市级学会71个，会员10万余人。
四、各区科学技术协会
1993年6月，龙岗区科协成立，事业编1名；1994年3月，南山区科协成立，事业编2名；1994年7月宝安区科协成立，事业编2名；1994年12月，罗湖区科协成立，事业编1名；1995年1月，福田区科协成立，事业编2名；2000年12月，盐田区科协成立，事业编1名。各区科协相继成立，并与区科技局合署办公。
五、科普教育基地
截止2009年底，全市共有国家科普教育基地4个，广东省科普教育基地12个，市级科普教育基地30个。
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